相続時精算課税制度を適用した場合の相続税額は、次のように計算する。

①相続時精算課税を適用した者の課税価格の計算

②相続時精算課税不適用者の課税価格の計算

③課税遺産総額を計算する
（①＋②）－遺産にかかる基礎控除額＝課税遺産総額
④各法定相続人の法定相続分に応ずる取得金額を計算する
⑤④に対する相続税額を求め、それを合計する（相続税額の総額の計算）
⑥⑤を取得した財産額で按分する
⑦各人の納付すべき相続税額を計算する
⑧相続時精算課税適用者の還付税額を計算する

（例） 父親が死亡
・相続財産……2億円
・相続時精算課税適用財産……4,000万円（イ）
・相続時精算課税適用時の贈与税額……300万円
・相続人……母親、長男（相続時精算課税適用）、次男
・分割割合……母親1/2（1億2,000万円）、長男1/4［2,000万円＋（イ）］＝6,000万円］、次男1/4（6,000万円）とすると、

①相続時精算課税適用者の課税価格の計算
2,000万円＋4,000万円＝6,000万円

②相続時精算課税不適用者の課税価格の計算
母親1億2,000万円＋次男6,000万円＝1億8,000万円

③課税遺産総額を計算する
相続税の基礎控除額
（①＋②）－｛3,000万円＋（600万円×3人）｝＝1億9,200万円

④各法定相続人の法定相続分に応ずる取得金額を計算する
・母親
1億9,200万円×1/2＝9,600万円
・長男、次男
1億9,200万円×1/2×1/2＝4,800万円

⑤相続税額の総額の計算
・母親分
9,600万円×30％－700万円＝2,180万円
・長男、次男分
（4,800万円×20％－200万円）×2＝1,520万円
・合計2,180万円＋1,520万円＝3,700万円

⑥ ⑤を取得した財産額で按分する
・母親分
3,700万円×1/2＝1,850万円
・長男、次男
3,700万円×1/4＝925万円

⑦各人の納付すべき相続税額を計算する
・配偶者
→配偶者に対する税額の軽減により納付税額ゼロ
・長男
贈与額
925万円－300万円＝625万円
・次男
925万円